Thank you so much for accepting my request even though it was short notice. I really appreciate it.
Thank you for accepting my request.
1)’急なお願いでしたのに受け入れてくれてありがとうございます。本当に感謝しています‘
accept 受け入れる、受容する
request お願い、要望
even though ~にもかかわらず
short notice 急に知らせる→急な、突然な
appreciate 感謝する
2)’私のお願いを聞いていただきありがとうございます‘
日本 
