ーI flew to Dubai, but only in transit.
「ドバイにはトランジットで行っただけです」
to fly to ... で「…に飛行機で行く」
in transit で「トランジットで」
ーI had a stopover in Dubai on route to Paris, but I didn't leave the airport.
「パリに行く途中ドバイで乗り換えたが、空港から出なかった」
stopover は「途中下車」
on route to ... で「…に行く途中」
ご参考まで!