回答
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I wish they'd prohibit smoking in the whole restaurant.
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I wish they'd make the whole place non-smoking.
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They should just get rid of the smoking section.
日本語でレストランでも「お店」と言いますし、あまり雑貨を売っているところでタバコを吸わないので、「shop」じゃなくて「restaurant」にしました。英語では、客があまりレストランを「shop」や「store」とは呼びません。
回答
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I wish the whole restaurant was non-smoking.
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I wish the entire place was non-smoking.
英訳1：私も「店」とはレストラン（やバーやカフェなど）のことが多いと思いますので、restaurant を例に使いました。
「店内の全部」として、the whole restaurant が自然です。
non-smoking は「禁煙の」という意味の、形容詞です。
英訳2：もし、restaurant や bar など特定しないならば、the entire place でもOK。
entire も「全部の」という意味で、whole と同じように使えますが、whole が whole cake「ケーキ一台」や whole chiken「チキン一羽」などのように「（ある程度輪郭がはっきりしているものの）まるごと」を指すことが多いのに比べ、entire のほうは、「欠けていない」「完全な」「全部そろっている」というニュアンスがあることから、形がはっきりしていなくても、それに属する機能や部分を含めた全体を意味します。ちなみに、entire のほうがフォーマルな表現です。
アメリカ合衆国 
