The buildings look like they're stacked up, but in reality they're not. From far away it just looks like they're stacked up.
ご質問ありがとうございます。
この場合は「重なって見える」は英語で「It looks like it's stacked up.」と言えます。
また、「建物が実際には重なっていない（離れている）けれど、遠くから見て重なって見える」という文章で説明したいなら、「The buildings look like they're stacked up, but in reality they're not. From far away it just looks like they're stacked up.」という風に言えます。
ご参考になれば幸いです。
The buildings look like they're overlapping with each other.
おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(*^_^*)
The buildings look like they're overlapping with each other.
「その建物はお互いに重なり合っているように見える」
「重なって見える」というのがハッキリ分からないのですが、角度によって、２つのビルが重なり合って、もう一方のビルが視界から遮られて見えなくなるということなら、
overlapが使えると思います。
例）
How many times a day a clock's hands overlap?
「一日に何回 時計の針は重なり合いますか？」
stack upは、私の理解では、「上下に積み重なる」という意味になると思うので、
そういう意味でおっしゃっているのであれば、stack upが良いと思います。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
★★大阪カフェレッスン英会話講師KOGACHI
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