ご質問ありがとうございます。
奥の内容がわからずに返事が難しいですが、I'm glad you can finally get some rest.(やっと休めて良かった。)は自然な返事だと思います。
もし、相手のニュアンスは「君とあってからワクワクして寝れてない(愛してるから)」ということなら、I can't stop thinking about you eitherは良い返事だと思います。
ご参考になれば幸いです。
I have not slept well since you left Tokyo either, but I am glad to hear that you got some sleep today.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
先のアンカーさんが丁寧に回答されていますので、ここでは他の例を挙げてみます。
『「君と会ってからあまり寝れてない」に対しての返事』について、例えば、
I have not slept well since you left Tokyo either, but I am glad to hear that you got some sleep today.
とすると、『私もあなたが東京を離れてからあまり眠れていないけど、今日あなたが少し眠れたと聞いて嬉しいわ。』というように伝えられます。
参考になれば幸いです。