こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『無事を願う』は、いくつか言い方が考えられますが、例えば、これだけを文章にするのであれば、
I pray for safety.
と言えます。
また、ご質問にある内容から推測して、『遅延となりそうですので、可能であれば私のフライトの予約を変更したいです。もし不可能であれば、そのままでいいです。全てが順調にいくことを願うのみです。』というようなことを伝えたいのであれば、
I want to change my flight reservation if possible because it seems like there will be a delay. If it's impossible to change, I will accept it for what it is. All I can hope is that everything goes smoothly.
と言えますね!
参考になれば幸いです。