ずっとそれが気になってたんだって英語でなんて言うの？

ーYou have something stuck on your tooth. It's been bothering me for a while now.
「歯に何かついてるよ。ずっと気になってたんだ」
この場合の「ずっと気になっていた」は It's been bothering me for a while now. を使って表現すると良いでしょう。

ーI've been wanting to clean my bathroom for a long time now and I finally did it today.
「ずっとトイレ掃除をしたいと思ってて、今日やっとできた」
この場合の「ずっと気になっていた」は I've been wanting to ...を使うと自然かと思います。ずっとやりたいと思っていたということは、気になっていたというニュアンにもなりますね。

ご参考まで！

• "It's been bothering me this whole time."
  "it's been bothering me" 「それが気になってんだ」
  "this whole time" 「ずっと」

"It's been bothering me this whole time but I've got something stuck in my teeth."
「ずっと気になってたんだけど、歯に何かついてるよ！」

• "It's been annoying me for so long."
  "it's been annoying me" 「それが気になってんだ」
  "for so long" 「長い間」・「ずっと」

"It's been annoying me for so long that I haven't cleaned the toilet but I finally did it today."
「ずっとトイレ掃除したいなと気になってたんだけど、やっと今日できたよ！」

こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば以下のような英語表現はいかがでしょうか：

It's been bothering me for a while.
ずっと気になってたんだよね。

I've been wanting to ...
ずっと〜したかったんだよね。

例：
I've been wanting to clean the bathroom for a while.
ずっとトイレ掃除をしたいと思ってたんだよね。

I've been wanting to say this.
ずっと言いたいと思ってたんだよね。

ぜひ参考にしてください。