Can I take the rest of this bottle home (with me)?
Do you let customers take home the wine they can't finish?
この場合、次のように聞くと良いと思います。
ーCan I take the rest of this bottle home (with me)?
「このボトルの残りを持って帰っても良いですか?」
to take the rest of this bottle home で「ボトルの残りを家に持って帰る」
ーDo you let customers take home the wine they can't finish?
「お客さんは飲み終えれなかったワインを持ち帰れますか?」
to take home the wine they can't finish で「飲みきれなかったワインを家に持ち帰る」
ご参考まで!