a department that has a good vibe, a department that has a bad vibe
vibeは少しだけカジュアルな感じですが、仕事の場面で普通に使えます。
人事の専門用語っぽい表現にすると、a department that is a hostile working environment (よくない仕事環境である部署)やa department that is a healthy working environment (健康的な仕事環境である部署)
で伝わります。
でも一般的に話す時に
この部署は雰囲気が良くないね。と言いたいならThis department has a bad vibeの方が自然です。
ご参考になれば幸いです!