こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
I don't think it's accurate to say that Major League Baseball is of a higher level than Japanese baseball, just that those have different qualities. Just like how some top Japanese players may not excel in the US, it's not guaranteed that top MLB players would perform well in Japan.
として、『日本とアメリカの野球は質が違うだけでMLBの方がレベルが高いって訳ではないと思います。日本のトッププレイヤーが向こうで活躍できないことがあるのと同様に、トップメジャーリーガーが日本に来ても活躍できるとは限らないと思います。』とするのはいかがでしょうか。
また、『野球のしかたが違う』というようなニュアンスであれば、those have different ways of playing baseball としてもOKです。
役に立ちそうな単語とフレーズ
quality 質
way やり方、方法、手段
参考になれば幸いです。
日本 
