Change the atmosphere of the company=会社の雰囲気を変える
Improve the mood of the workplace=職場の雰囲気を向上する
会社全体を言う場合はcompanyと言い、自分のすぐ周りの職場だけを指す場合はworkplaceと言いましょう。
会社全体を言う場合はatmosphere(雰囲気)の方が向いています。Moodと言うのは「気分」や「機嫌」と言う意味もありますので、小さな空間の人達の想いで作られた雰囲気の事を指す場合が多いです。
I want to remodel the management style and improve the atmosphere of the company=経営を一新して会社の空気を向上させたい