"出会えてよかった、彼らがいなくなってさみしい"
- I'm glad we met, I'll be sad when they are gone.
We will miss you かなと思いましたが、[彼ら]が目的語ならWe will miss themといいますか？
そうです。We will miss them. となります。
しかし、その留学生たち相手に向けて「あなたたちがいなくなってさみしい」と言う場合、We will miss you となります。
ご質問ありがとうございます。
おっしゃったように、「We will miss you.」がちょうどいいです。もっと具体的に言ったら、「We will miss you all.」も言うことができます。
「We will miss them.」の場合では、その人が交流会に参加していないみたいなニュアンスがしますので、ちょっと不自然です。
ちなみに、「出会えてよかった」は「We're so happy to have met you (all).」になります。
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
