I took apart a pen I just bought but then I couldn't put it back together.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI took apart a pen I just bought but then I couldn't put it back together.
「買ったばかりのボールペンを分解したら、元に戻せなくなった」
ペンを分解すると言う場合、to take apart を使って言うのが自然で良いでしょう。
to disassemble とも言えますが、ちょっとかたい言い方です。
「元に戻す」は to put ... back together と言えます。to get it back とも言えます。
ご参考まで!