「意外な結果になったけど、それはそれで良かった」というのは It didn't turn out as I expected, but I'm ok with it か It didn't turn out as I expected, but it's ok as it is で表現できます。
例文 The meal didn't turn out as I expected, but it's alright.
「食事が意外な結果になったけど、それはそれで良かった。」
参考になれば幸いです。