この場合、次のような言い方ができますよ。
学校にいる場合：
ーWhat time do you usually come to school?
「たいてい何時に学校に来ますか？」
ーWhat time do you get to school most days?
「ほとんどの日は何時に学校に着きますか？」
もし学校以外の場所にいて質問する場合は、次のように聞けます。
ーWhat time do you leave for school?
「何時に学校へ出発しますか？」
ーWhat time do you go to school?
「何時に学校に行きますか？」
ご参考まで！
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
先のアンカーさんが回答されているので、ここでは他の例を挙げてみます。
例えば、
What time do you usually go to school?
『いつも何時に[学校へ行く](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/70126/)の？』
※話し手と相手が学校の外
ある地点（例えばお家など）から離れて、学校へ行くというようなイメージ
What time do you usually come to school?
『いつも何時に学校に来るの？』
※話し手と相手が学校の中
ある地点へ（学校へ）向かって来るというイメージ
What time do you usually arrive at school?
『いつも何時に学校に着く？』
※学校の中にいても外にいても、どちらの場合も使えます。
参考になれば幸いです。
カナダ 
日本 
