魚を骨と身の部分に綺麗に分けて食べたって英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーI separated the meat on my fish very carefully from the bone then I ate it.
「魚を骨と身に綺麗に分けて食べた」

ーI took the pit out of my peach carefully before I ate it.
「桃を種と実に綺麗に分けて食べた」

ご参考まで！