Do I pick up my checked-in bags at my final destination?
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーWhere can I pick up my suitcases, in A or B?
「AとB、どこでスーツケースを受け取ることができますか？」
AとBには乗り換え地と目的地を入れてください。
ーDo I pick up my checked-in bags at my final destination?
「預けた荷物は最終目的地で受け取りですか？」
final destination で「最終目的地」
ご参考まで！
カナダ 
