ただのわがままに聞こえるって英語でなんて言うの？
ただのわがままに聞こえるかもしれないけど、そうじゃないよwと伝えたいです。文面じゃ伝わりにくいことがあるので。
回答
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it just sounds selfish
「我がまま」
"selfish"
"egoistic"
二つ目は日本語でも言いますね。これを質問者様の挙げた英文に当てはめますと、
"It may sound selfish, but there is more to it than that."
"It may sound egoistic, but there is more to it than that."
となります。"more to it"で「そうじゃない」「もっと意味がある」という意です。
アメリカ合衆国 
