私の事いつも理解してくれてありがとうって英語でなんて言うの？

「理解してくれる」というのは、言葉を理解してくれるというよりも、「ありのままを受け入れてくれる」ということではないでしょうか？だとすると、上のような文章がいいと思います。「私のことをありのままに受け入れてくれてありがとう」という言い方をすると、真意が伝わると思います。

本当に、仲良くしてくれる親友に向けての言葉だと思ったので、少し追加してみました。

Thank you for understanding me all the time.
「いつも私の事を理解してくれてありがとう」

all the time
に「いつも」という意味が含まれています。

最後にお礼のような感想を入れると、きっと気持ちが素直に伝わると思います。
I'm so happy to be your friend/
「私はあなたの友達になれてうれしいです。」

ご参考になれば幸いです。

あんまり形式的だとよくないので、ひとつめでよいと思います。all the timeが「いつも」に該当します。as everも同じですが、少し堅いですからやめときました。