It sounds good, but the reality is that there are a lot of issues with the plan.
It looks good on the surface, but actually it is quite problematic.
英訳1:in actuality で「実際は」というフレーズです。便利な表現なので覚えておくといいでしょう。
In actuality, it isn't as good as it seems. で「実際は、見た目ほどよくない」という意味になります。
英訳2:the reality「現実」を使って It sounds good, but the reality is that there are a lot of issues with the plan. と言うと「よさそうだけどこのプランでは(現状に)問題がたくさんある」というニュアンスになります。
英訳3:It looks good on the surface, but actually it is quite problematic.「表面上はいいけれど、実は結構問題をかかえている」も参考にしてください。
他の言い回し
It's a seemingly lovely town, but in reality, it has a lot of problems.
「一見魅力的な町に見えますが、現実には多くの問題があります」
ご質問のケースを考えると、reality や seems を使うのが自然な表現になります。
(but) In reality
実際には、でも実は(現実は)〜です
表面上は綺麗でも〜という表現ですが、
It looks pretty, but in reality, -.
かたちとしてはこのようになりますが主語が何かによって、
「綺麗」という表現も変わってくるとおもいます。
but actually
実際には
相手の知らないことを話す時に使います