It's not cooked; またはIt's undercooked. それぞれ、生焼けですよ/ちゃんと火が通ってないですよ。
Please cook it again: もう一回焼いてください/作り直してください。
また、火の通った状態をdoneと言います。
よく肉の焼き加減でwell doneがありますが、これは「良く焼けた」という意味です。
例
Can you cook until it's done?
ちゃんと中に火が通るまでよく焼いてくださいな。
Its not cooked throughは、ちゃんと火が通ってないですという意味ですが、このとき、火ではなく、料理するのCookを使います。Throughは通るという意味です。
Too rareと言ったら、焼き終わってないなどの意味で、ステーキなどの火の通り加減のレアを意味します。こういう肉でなくても同じ言い方を使えます。
役に立てれば幸いです。