Have you kept yourself up for me? Did pigs fly too?
Stay up and waitやstay up waitingが一般的かと思います。
2番目の例文は、「起きててくれたの?ブタでも飛んだか?」です。
when pigs flyは決まり文句で、「ありえないことが起こった時に」という意味です。なにかお願いごとをされて、「じゃあブタが飛んだ時にやるよ」と言えば、「やだよ」ということになります。when hell freezes overも「(普通は灼熱の)地獄が凍った時」で同じことです。Did hell freeze over?と言えます。疑問形にした言い方は一般的ではないので、ピンときてもらえない場合は、"I'm saying it never happens (just like you staying up at this hour)"(だから、そういうことは起こらないって言ってるの)と説明をつけなければならないかもしれません笑。