「いろいろな[状況](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36378/)で使える万能フレーズ・・・」は、難しいかも知れませんが、今回挙げたものに関しては、どれを使ってもそこそこ通じるかなとは思います。ご質問にあった状況だと、次のような感じでしょうか。
Formally he is the section chief, but virtually another person is in charge of that position.
Although it is a lease contract on the surface, it is practically a sales contract.
in reality - 実際には
on the surface - 表面上は
上記のように英語で表現することもできます。
例:
On the surface Kevin is in charge, but in reality it's Sarah doing all the work.
表面上はケビンが担当者だけど、実際にはサラが全部やっている。
お役に立てればうれしいです。
またいつでもご質問ください。