実質的には、形式的にはって英語でなんて言うの？

formally=nominally=「形式的には」

Practically=「実質的には」technicallyを使う人もいます。

ここまでで、お役に立てば幸いです。

感謝

「いろいろな状況で使える万能フレーズ・・・」は、難しいかも知れませんが、今回挙げたものに関しては、どれを使ってもそこそこ通じるかなとは思います。ご質問にあった状況だと、次のような感じでしょうか。

Formally he is the section chief, but virtually another person is in charge of that position.

Although it is a lease contract on the surface, it is practically a sales contract.

in reality - 実際には
on the surface - 表面上は

上記のように英語で表現することもできます。

例：
On the surface Kevin is in charge, but in reality it's Sarah doing all the work.
表面上はケビンが担当者だけど、実際にはサラが全部やっている。

お役に立てればうれしいです。
またいつでもご質問ください。