「キリがいい」は、「作業などを止めるのに都合のいい」タイミングという意味なので、 when it's convenient がいいと思うのですが、
オンラインレッスンで先生が時間を延長してキリがいいところまで終わらせてくれた時に、
「時間を超過して切りのいいところまでレッスン続けてくれてありがとうございます」
と言う場合だと、
Thank you for continuing to help me even after the time ran out.
が伝わりやすいと思います。
あえて、「キリのいい」という部分を強調して言いたいのであれば、
Thank you for not ending the lesson immediately. You were kind enough to continue until you had fully explained what you were saying. I appreciate it.
ちょっとしつこいですかね~(笑)