Sorry for contacting you out of the blue. You probably wondered who was messaging you!
「突然ごめんね」= Sorry for contacting you out of the blue./Sorry for suddenly messaging you.
「驚かせちゃったよね?」= You probably weren't expecting a message from me./You probably wondered who was messaging you (直訳:誰がメッセージを送ったのかな、と思ってたでしょう。)
もっとも自然な言い方は:
Sorry for contacting you out of the blue. You probably wondered who was messaging you!
I'm sorry for surprising you with this sudden email.
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば次のような英語表現はいかがでしょうか:
I'm sorry for surprising you with this sudden email.
突然の連絡で驚かせてしまい申し訳ございません。
sudden は「突然の」という意味の英語表現です。
ぜひ参考にしてください。