「気を付けて」はもちろん「Be careful」と言いますが、 この場合は"make sure"「確認する」か"check"「チェックする」の方が自然だと思います。なぜかというと"be careful"は何かが危ないから、何か恐れがあるから「気を付けて」という。
例えば、"Be careful crossing the street" 「道を渡ること（が危ないから）に気を付けて」
"duplicate pages"/"duplicates"とは全く同じ物で、要らないという意味です。
敢えて"be careful”を使った文章を書いてみましたが、"include"「含む」を含まないと（オヤジギャグ！）不自然になります！
"Please be careful not to include any duplicate documents"
「ダブった書類を含まないように気を付けてください」
この文章は注意された方や他の誰かが前にダブった書類を含んでしまったか、もしくはそういう恐れがあるというようなニュアンスです。
Be certain not to make any extra copies of the documents.
Please make sure to not make any unnecessary copies of the documents.
Make sure there is no overlap between the documents.
書類に関して「ダブる」と言ったら、「ある二枚の中に一枚はいらない」と言う感じですね。それで、英語で言うために「duplicates」の他に「extra copies」と言えます。こんな使い方で、「extra」は「unnecessary」（必要のないこと）と同じ意味となります。
「certain」と「sure」は完全に同じ意味であり、「Be certain to ～」や「Make sure to～」は「～ようにしておいてください」または「～ように確認してください」と言う意味です。
アメリカ合衆国 
