Under the water はそのままですね。 本当に水面下という意味を表すときに使えます。 ただ、日本語で私たちが水面下を使う場合、何か物事が進んでいる間で、秘密裏に何かが進んでいた時になどにも、水面下という言葉を使うと思います。 その時は below the surface という言葉を使いましょう。 表面の下という意味で、何かが水面下で進んでいた というとき、 something was going on below the surface. という英文で伝えることができます。
上の表現はそれぞれ「秘密にする・内緒にする」と言う意味です。政府や外交に関することの場合、特に一般市民が知らないほうがいい情報なら、そういう情報は英語で「confidential」と言います。動詞にすると、「 do ○○ confidentially」となります。「discretely」は「confidentially」と比べたら意味は同じですが、そんなに重大な感じではありません。