(1)with + 名詞 + 形容詞/副詞/前置詞句 の構造です
a boy with glasses on で「メガネをかけた[少年](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/64784/)」という意味になります。
この場合の前置詞 with は直後に「前置詞の目的語」そしてその後に形容詞、副詞、前置詞句などが来て、「前置詞の目的語(=glasses)」が「形容詞、副詞(=on)、前置詞句」の状態であるという意味になります。
on は前置詞としても副詞としても使われることがありますが、この場合は副詞で「着用」を意味する「[着ている](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/32692/)、つけている」という意味です。
その他の例も挙げておきます。
A. Don't speak with your mouth full. 口を(食べ物で)いっぱいにして話してはいけません。
full は形容詞
B. He was walking with a notebook in his hand. 彼はノートを持って歩いていた。
in his hand は前置詞句
(2)分詞の形容詞的な使い方
動詞の ing形には大きく分けて3つの使い方がありますが、今回の例の場合は形容詞として使う用法です。
a boy wearing glasses で「メガネをかけた少年」となりますが、別の動詞で例えば次のような文も作れます。
the man standing at the corner 「その角で立っている男性」
このようにして、元の動詞が伴っている目的語や修飾語句などをセットにして(「メガネ」をかけている wearing "glasses" / 「その角で」立っている standing "at the corner")一塊とみなして形容詞と同じ使い方をします。
以上、ご参考にしていただければ幸いです。
「彼は眼鏡をかけている」と言いたい場合:
He wears glasses.
または
He has glasses on.
が一番自然です。
若干ニュアンス的に違うのが、「He wears glasses」だと彼は常に眼鏡をかけているという意味合いがあるのに対し(wears=[着ている](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/32692/)・[身につけている](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/45704/))、「He has glasses on」は「眼鏡をつけている」というニュアンスがあるため、「普段はかけていないが今はかけている」というふうに相手がとらえる可能性があります。