uprightは直立の状態を指します。
積み重ねるのはstack upです。
Please place the books upright. 本を立てて並べてください。
Please stack up the books. 本を積み重ねてください。
Don't stack up the books. Place the books upright in the bookshelf.
「本を積み重ねて置かないで。本棚に立てて置いてね」
ちゃんと本を戻せたら”Wonderful job!”と言ってもいいかもしれないですね♪