I would appreciate it if you can change my reservation to two nights instead of three nights.
Could you please change my reservation to two nights instead of three nights?
I'm afraid that I have to request a change for my reservation.
I would appreciate it if 〜して頂ければ幸いです。
Could you please 〜して下さいませんか。
といったニュアンスで使用出来ます。これだけでも十分丁寧かと存じます。
I'm afraid ...の文は、「予約を変更しなければならなくなりました。」という意味です。
それを前置きにして、回答１、回答２の文と一緒にお伝えすると謝罪とリクエストをより一層丁寧にお伝えできると思います。＊回答３の文のみでは３泊から２泊の旨は入っておりませんのでご注意ください。
回答３に回答１or２を組み合わせる場合は、回答１or２のmy reservationをitに省略することも可能です。
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