~なだけだったって英語でなんて言うの？

「〜だけだった」は It's just (that) の後に内容を続ければいいでしょう。 ご質問の「数え間違えてるだけだった」ならば、 　It's just I miscounted. となります。 「〜だった」という日本文ですが、「数があわないぞ」という文から、そう思っているのは現在ということなので、It's で始めます。 もし、そう思ったのが過去なのであれば、 　It was just I had miscounted. と、It was のために後半の時制が１つずれて過去完了形になります。