「〜だけだった」は It's just (that) の後に内容を続ければいいでしょう。
ご質問の「数え間違えてるだけだった」ならば、
It's just I miscounted.
となります。
「〜だった」という日本文ですが、「数があわないぞ」という文から、そう思っているのは現在ということなので、It's で始めます。
もし、そう思ったのが過去なのであれば、
It was just I had miscounted.
と、It was のために後半の時制が１つずれて過去完了形になります。
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーOh I just made a mistake counting.
「あ、数え間違えていただけだ」
to make a mistake counting で「数え間違える」
ーOh I just got my number wrong.
「あ、数え間違えていただけだ」
to get one's number wrong でも「数え間違える」ことを表現できます。
ご参考まで！
日本 
カナダ 
