古い歌の「When Irish Eyes are Smiling」はありますが、会話的にあまり「eyes are smiling」とか「smiling eyes」とかは言いません。
でもいろんな気分で「have a 〜 look in one's eye/eyes」とは良く使われています。
「He had a mean look in his eye.」
「彼は意地悪な顔がしてた。」
「She had a sad look in her eyes.」
「彼女は悲しい顔をしてた。」
日本語のニュアンスをきっちり出そうと思えば、そのまま直訳で、
Your eyes aren't smiling.
「目が笑っていない」
と言えます。
英語としては不自然に聞こえるかもしれないですが、ちゃんとした文脈で言えば、意味は理解してもらえるはずです。
言葉なので、伝わりさえすれば、自然かどうかはそんなに気にすることではないと思います。
あとは、
You're not smiling with your eyes.
「目で笑っていない」
とか
Your eyes don't look like you're truly happy.
「目が本当に幸せそうには見えない」
などと言えます(*^_^*)
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)