もっと遅く来た方が良かった？って英語でなんて言うの？

ご質問ありがとうございます。

Should I have come tomorrow?
明日来た方がよかった？
should have～で～した方がよかった。という表現です。

Do you prefer much later?
もっと遅くがよかったの？
prefer:望む
ご質問の補足にあったmuch laterを使用してみました。
much laterだけでもっと後に。となるので、ここでsoを付けるのはあまりナチュラルには聞こえません。口語であれば、much much later?とするほうが嫌味たっぷりに仕上がります。

Should I come back in 2 hours?
2時間後に戻ってこようか？

ご質問にあった、that muchですが、（量などに対して）そんなに？という意味なので、皮肉を言われて、You are upset that much!?としては使えます。そんなに怒ってんの？！という感じですね。

どれも、皮肉たっぷりですので使う相手と状況をよくご自分で判断されてくださいね。

文字通りにすると、もっと遅れて欲しかったの？と言う文章だと、"Did you want me to arrive here any later than this?" これより遅く、は"later than this"で大丈夫です。3文目は「待たせるつもりはなかった」です。