I'm thinking about what you're thinking about
→あなたが何を考えているのかを考えている
私は母語が日本語なのでネイティブチェックにはなりませんが、、
「are you」を「you are」にすればバッチリだと思います。
例)
"What are you thinking about?" I asked.
"I'm thinking about what you're thinking about."
"That's no answer."
"Well, what are you thinking about?"
"What you're thinking about."
〔A Fraction of the Whole By Steve Toltz〕
回答は一例ですので、
参考程度にしていただければ。
ありがとうございました
I was thinking about what you were thinking.
I was wondering what you were thinking about.
「あなたが何を考えているのかを考えてたんだよ」と伝えたい場合は、次のように表現するのがぴったりです。
I was thinking about what you were thinking.
(あなたが何を考えているのか考えてたんだよ。)
「何考えてるのかな〜と思って」と少し柔らかく言う表現
I was wondering what you were thinking about.
(何を考えているのかなって思ってたんだ。)