Let's jump three times then flap your arms!
3回ジャンプしてから、腕をパタパタしよう!
「羽ばたけ」というのは腕を翼のようにパタパタするということですよね?それでしたら、flap your arms がいいと思います。fly は「飛んで!」なので、物理的にできないですし(雰囲気でわかってくれるかもしれませんが)。flap だけだとどのように動けばいいのかわからない場合があります。例えば、flap your hands なら手のひらをパタパタさせることになります。