時間しかたってないって英語でなんて言うの？

この２つの違いは日本語とあまり変わらないかと思います。

日本語でもそうですが、「◯時間しか経っていない」を英語では"It's been only ◯ minutes"で肯定的でも否定的でも変わらないです。変わるとすれば、トーンの違いです。テンション下がり気味に言えば否定的な意味になりますし、テンション高めに言うと肯定的な意味として受け取られると思います。
あと違いを付けるとすれば、その後に一文加えるとどちらのニュアンスで言っているかが簡単に伝わると思います。

"We still have plenty of time" ⇛ 「まだ時間たっぷりあるね！（肯定的）」
"Time goes so slow" ⇛ 「時間経つのすごく遅いね（否定的）」