〇〇と△△とは別の問題だって英語でなんて言うの？

「AとBとは（全く）別の問題だ」という言い方自体は
A and B are (totally) different issues. などが使えると思います。
another issues, different problems などに置き換えてもいいかもしれません。
issue＝ 問題点、重要な点など　

しかし、今回の場合、AとBが長いので、日本語のように一文で言おうとすると、長い文章になって分かりにくくなりそうです。

例えば
Even if we could use this ingredient, I don’t know how consumers will react. That’s a different issue.
【訳】もし我々がその原料を使えたとしても、消費者がどう反応するかは分かりません。それはまた別の問題です。

というように２つの文に分ける手はあるかなと思いました。
最初の例文ではAとBという２つの問題なので複数形、今回の場合はBはAとは違う問題だといっているので、単数形です。

原料は、食品などの場合 ingredient でいいと思いますが、商品が機械などならば material になります。

「A is one thing, B is another」で「AとBは別の問題だ」の意味になります。

「消費者に受け入れられる」対象がなにか分からなかったので「the completed product」（完成品）としておきました。