Even if we could use this ingredient, I don’t know how consumers will react. That’s a different issue.
「AとBとは(全く)別の問題だ」という言い方自体は
A and B are (totally) different issues. などが使えると思います。
another issues, different problems などに置き換えてもいいかもしれません。
issue= 問題点、重要な点など
しかし、今回の場合、AとBが長いので、日本語のように一文で言おうとすると、長い文章になって分かりにくくなりそうです。
例えば
Even if we could use this ingredient, I don’t know how consumers will react. That’s a different issue.
【訳】もし我々がその原料を使えたとしても、消費者がどう反応するかは分かりません。それはまた別の問題です。
というように2つの文に分ける手はあるかなと思いました。
最初の例文ではAとBという2つの問題なので複数形、今回の場合はBはAとは違う問題だといっているので、単数形です。
原料は、食品などの場合 ingredient でいいと思いますが、商品が機械などならば material になります。