「気を使ってくれた」という感謝の意を伝えたい時、英語では "You were considerate" と言うことができます。"considerate" は「思いやりのある」「配慮して」の意味で、他人の感情や状況に注意を払う人の特徴を表現します。質問補足の場合、"not to wake me up" で「私を起こさないようにしてくれた」という行動を具体的に述べています。
他にもこのような表現が可能です:
Thank you for being so thoughtful by not waking me.
I appreciate that you didn't disturb my sleep.
He was thoughtful about letting me sleep a bit longer.
He was mindful of the fact that I needed a little extra sleep.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーHe was thoughtful about letting me sleep a bit longer.
「彼は私がもう少し寝れるよう気を使ってくれた」
ーHe was mindful of the fact that I needed a little extra sleep.
「彼は私がもうちょっと睡眠が必要だということに気を使ってくれた」=「彼は私をもう少し起こさないよう気を使ってくれた」
ここの「気を使う」は thoughtful や mindful を使って言えます。
ご参考まで!