"In the end it will be in vain."
「結局無駄になる。」注意点は"in vain"はイディオムとして「無駄になる」に相当し、一般的にこのほうが使われています。"vain"は「むだ」という意味も持っていますが、「誇らしい・身勝手」という意味も持っています。
"In the end all of it will be in vain."
「結局すべてが無駄になる。」もし協調したいなら、"all of it"と加えます。
参考になれば幸いです。
"In the end"=「最後には」
"It will all be worth nothing"=「それは全て価値が無くなる」
"It will all be for nothing"=「それは全て何のためでもなくなる」
例文:"I worked so hard for this company, but now that the company has declared bankruptcy, it will all be worth nothing."