でもそれ根本的な解決なってなくない？って英語でなんて言うの？

ご質問どうもありがとうございます。
様々な表現があると思いますが、いくつか自然な表現を紹介します。

1. I think this isn't a real solution to the problem.
   あの問題の本当の解決にはならないと思う。

2. I don't think this approach addresses the issue in a practical manner.
   このアプローチは、問題に実践的に取り組むことがないと思う。

お好みに合わせて使い分けてみてください。
ご参考にしていただければ幸いです。

直訳から少し外れている感じもありますが、会話の自然さを重視してみました。

A: A guy sitting next to me seems to like me. In a sexual way.
【訳】隣に座ってる男の子が僕のことを好きみたいなんだ。性的な意味で。

B:Wow. Well, that could happen, it’s school for boys.
【訳】あらら。まぁ男子校だからね。ありうるよね。

A: I can’t do anything about it so I asked the teacher to change seats.
【訳】僕にはどうにもできないから先生に席を替えてもらうように頼んだ。

B:I see…but I think that doesn’t solve the problem.
【訳】なるほど…でもそれ問題解決にはなってないよね。

基本席替えはアメリカにはないので（先生の教室に生徒が行く方式）、一応こういう言い方にしてみました。参考になれば。