ご質問どうもありがとうございます。
様々な表現があると思いますが、いくつ自然な表現を紹介します。
1. You should stir Natto before eating it.
2. When you're eating Natto, make sure to stir it.
P.S. かき混ぜるは、英語で「to stir」と言います。
お好みに合わせて使い分けてみてください。
ご参考にしていただければ幸いです。
ご質問ありがとうございます。
・「mix it with soy sauce」
＝醤油と混ぜる
（例文）You mix it with soy sauce before eating it.
（訳）食べる前に醤油と混ぜます。
（例文）How do you eat natto?//You mix it with soy sauce before eating it.
（訳）納豆ってどうやって食べますか？//食べる前に醤油と混ぜます。
便利な単語：
mix混ぜる
soy sauce 醤油
お役に立てれば嬉しいです。
Coco
ドイツ 
日本 
