I thought you were ignoring me and I was sad. I'm glad you replied.
「無視する」は英語で ignore です。
「悲しかった」は、I was sad です。
「良かった」は、I'm glad（嬉しい）.I'm relieved（安心した）です。
I'm glad you replied.（返信してくれて嬉しい）
I'm relieved you replied.（返信してくれて安心した）
なので、以下の表現が使えます：
I thought you were ignoring me and I was sad. I'm glad you replied.
I thought you were ignoring me and I was sad. I'm relieved you replied.
是非参考にしてみてください。
チリ 
