自己判断=「自分で選んでください」という意味では own choice もあるのですが、他人に薬を飲まされるのでなく自分の意思で飲んでくださいという感じもして、ちょっとそぐわないかなと思いました。
use it on your own responsibility
【訳】自己責任で使用してください。
take it at your own risk
【訳】自分のリスクを覚悟して服用してください。
薬はdrink「飲む」でなくtake「取る」になります。
riskの方がリスクとして英語でも知られているように、より危険なものを扱っているような気がします。
Please use your own judgment when taking this medicine.
Attention: Please be aware to take self responsibility when taking this medicine.
ご質問ありがとうございます。
① "Please use your own judgment when taking this medicine."=「この薬を服用するときは、ご自身の判断で。」
② "Attention: Please be aware to take self responsibility when using this medicine."=「注意:この薬を服用するときは、自己責任という意識を持って下さい。」
ご参考になると幸いです。