「I take it that...」というのは、何かを仮定する時に使う表現です。最後の「ね」がその意味になるでしょう。上記の1番目の最後の「, have you?」もそういう意味です。
「Haven't you ever been there?」のニュアンスが違って、「あなたはそこに一度も行ったことがないのですか?」と言う意味です。「ね」ではなく、「か」が最後ですね。そのことを聞いてびっくりするとき。
by any chance とは「もしかして」という意味です。相手と確認したいとき、この表現を使います。
have you ever been there とは「そこに行ったことがありますか?」という意味です。
したがって、"By any chance, have you ever been there?" 「もしかして、そこに行ったことがありますかかな?」