It pays to have failed. At least you learned a lesson from the failure.
2つの文に分けました。
まず、It pays to have failed.
pay は、主語が「割に合う」とか「報われる」という意味で、自動詞としての使い方です。
to have failed と【to + 完了形】にしたのは、すでに失敗したという「過去」であることを示すためです。
to fail だと、これから起ることや一般的な意味合いになるので今回の状況とは違います。
次に、At least you learned a lesson from the failure.
At least は「少なくとも」「まがりなりにも」で、今回の「〜だけでも」に対応します。
「それがわかった」は、今回は一般的に「学んだ」「教訓を得た」の learn a lesson を使いました。