「なんでそれもってるの?」と、どのようにして、それを手に入れたのかを聞きたい場合は、How did you get that?と聞きます。
「なんで?どうしてそれを手に入れたの?」と、それを手に入れようとした理由を聞きたい場合は、Why did you get that?と聞きます。
「どこでそれ手に入れたの?」と、手に入れた具体的な場所を聞きたいのであれば、Where did you get that?と聞きます。
それぞれニュアンスが異なるので、何を聞きたいのかによって使い分けてみてください。