いつも変なことばかりしてるけど一体何を考えてるんだろうねって英語でなんて言うの？

変なことは「weird stuff」と直訳しました。でも子供なので、正直「weird」は入れなくても良いと思います。

「up to...」は何かをしていることを表す、カジュアルな表現です。

例えば、「Julian is always up to no good」だと、「ジュリアンはいつも悪いことをしている」になります。

したがって、「He's always up to weird stuff, I wonder what he's thinking」を提案しました。

ご質問ありがとうございます。

①「いつも変なことばかりしてるけど一体何を考えてるんだろうね」この文では、
「He's always doing weird stuff, really what's he thinking?」
ここで「weird stuff」は「変なこと」という意味です。
「一体何を考えてるんだろうね」これは英語で色々な形で使えます。直訳したら、
「really what's he/she thinking?」という意味がありますし、
文句をつけるような状態の場合は、
「for god's sake, what's he/she thinking?」という使い方でも言えます。
②文のように「～I don't know what's on his/her mind. 」とも使えます。「彼/彼女が何を考えてるかわからない。」という意味があります。

③「My two years old child always playing happily, but as his/her parent I can't see anything but weird stuff.」この文は、
「2歳の子供がいつも楽しそうに遊んでいるけど、親として私には変なことしか見えないね。」という意味になります。

ご参考になれば幸いです。

すでに回答はありますので、少し違った表現を挙げたいと思います。

He's always doing some weird stuff, nobody can really tell what he's thinking.
彼はいつも何か変なことばかりしている。彼が一体何を考えているかは誰にも分からない。

それを話している自分だけでなく、分かる人が誰もいないという意味になります。
もっと正確にいうと nobody can tell 〜　は「誰も解説できない」というような意味になり、 nobody knows というと「誰も知らない」という意味になります。どちらの場合も日本語では「誰も分からない」と訳す方が自然になるでしょう。