"My back is sore from sitting so long." を使うことができます。「sore」は「痛い、痛みがある」という意味で、肉体的な不快感を示す時に使います。「from sitting so long」は「長時間座っているため」という意味で、痛みの原因を説明しています。
類似したフレーズとしては以下のような表現があります:
"I've got a sore back from all the driving."
"My lower back hurts from the long drive."