表面上は似ているようだけど、本質は違うって英語でなんて言うの？

On the surface, they may look similar, but in practice, they are essentially different.
表面上はそれらは似ているように見えるかもしれませんが、実質的にはことなるものです。

on the surface：表面上は、表面的には
look similar：似て見える
in practice：実質的には
essentially：根本的に、本質的なところで

前のアンカーの方の回答とほぼ同じですが、
少し言い方を簡単かつ短くして、
They look superficially similar, but actually they are different.
のように言っても意図した意味はちゃんと伝わります。

superficiallyは「表面的に」という意味の副詞です。
例）
I was superficially nice to him.
「表面的には彼に優しくした」

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)