この文脈で「えんぴつを持ってください」は英語では Please pick up your pencil と言います。
普段「鉛筆を持ってください」を直訳すると Please hold/have your pencil と言いますが、テストの時に鉛筆を持つか持たない事を指示していますので、は Please hold/have your pencil より Please pick up/do not pick up your pencil の方が自然です。
テストの時に、最初、「鉛筆を持たずにしてくだいさい」と言いたいなら Please don't pick up your pencil yet と言います。「もう時間ですよ、鉛筆を持ってください」は Please pick up your pencil. と言います。時間が終わっている時に Please put down your pencil now. と言います。
ご参考までに。
ご質問ありがとうございます。
・「Please pick up your pencil.」
＝鉛筆を持ってください。
（例文）The test will start in one minute. Please pick up your pencil.
（訳）あと1分で試験が始まります。鉛筆を持ってください。
単語：
pencil 鉛筆
お役に立てれば嬉しいです。
アメリカ合衆国 
日本 
