この文脈で「えんぴつを持ってください」は英語では Please pick up your pencil と言います。
普段「鉛筆を持ってください」を直訳すると Please hold/have your pencil と言いますが、テストの時に鉛筆を持つか持たない事を指示していますので、は Please hold/have your pencil より Please pick up/do not pick up your pencil の方が自然です。
テストの時に、最初、「鉛筆を持たずにしてくだいさい」と言いたいなら Please don't pick up your pencil yet と言います。「もう時間ですよ、鉛筆を持ってください」は Please pick up your pencil. と言います。時間が終わっている時に Please put down your pencil now. と言います。
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